荧光检测 PCR 定量检测,即实时荧光定量 PCR(qPCR),其原理是在普通 PCR 的基础上,加入荧光基团,通过对 PCR 过程中荧光信号的实时监测,实现对核酸模板的定量分析,具体如下:
荧光信号产生机制
荧光染料法:常用的荧光染料如 SYBR Green I,它可以特异性地结合到双链 DNA 的小沟部位。在 PCR 反应体系中,当 DNA 进行复制形成双链时,SYBR Green I 就会结合到双链 DNA 上,从而被激发产生荧光信号。而且荧光信号的强度与双链 DNA 的含量成正比关系。
探针法:使用的是 TaqMan 探针等。TaqMan 探针是一段与目标 DNA 序列特异性互补的寡核苷酸,其 5' 端标记有荧光报告基团(如 FAM),3' 端标记有荧光淬灭基团(如 TAMRA)。在 PCR 反应过程中,当引物延伸到探针结合部位时,Taq 酶的 5' - 3' 外切酶活性会将探针降解,使得荧光报告基团与淬灭基团分离,从而产生荧光信号。每扩增一条 DNA 链,就会有一个探针被切断,释放出一个荧光信号。
定量原理
标准曲线法:通过一系列已知浓度的标准品模板进行 PCR 扩增,得到不同浓度标准品对应的荧光信号值,以标准品的起始拷贝数的对数为横坐标,以对应的荧光阈值循环数(Ct 值)为纵坐标,绘制出标准曲线。在相同条件下对未知样品进行 PCR 扩增,根据其得到的 Ct 值,从标准曲线上就可以计算出未知样品的起始拷贝数。
Ct 值的定义与应用:Ct 值是指在 PCR 扩增过程中,荧光信号开始由本底进入指数增长阶段的拐点所对应的循环次数。研究表明,在 PCR 反应的指数增长期,Ct 值与起始模板量的对数呈线性关系,即起始模板量越多,Ct 值越小;反之,起始模板量越少,Ct 值越大。因此,可以利用 Ct 值来对模板进行定量分析。
荧光检测 PCR 定量,即实时荧光定量 PCR(qPCR),具有以下优点:
灵敏度高:能够检测到极低拷贝数的核酸模板,可对痕量核酸进行定量分析,比如在病毒感染早期,血液中病毒核酸含量极低时,也能准确检测出病毒的存在并进行定量,有助于疾病的早期诊断。
特异性强:无论是使用荧光染料法还是探针法,都具有很高的特异性。探针法中,TaqMan 探针与目标 DNA 序列特异性互补结合,只有当引物和探针都与目标序列准确结合时才能产生荧光信号,极大地提高了检测的特异性;荧光染料法中,SYBR Green I 只结合双链 DNA,且在 PCR 引物设计时会确保其与目标序列特异性结合,从而保证了检测的特异性。
精确性好:通过对荧光信号的实时监测和对 Ct 值的精确测定,以及标准曲线的建立,能够实现对核酸模板的准确定量。实验结果的重复性好,变异系数通常较低,在科研和临床诊断等领域能够提供可靠的数据。
快速高效:整个 PCR 过程在封闭的反应体系中进行,无需像传统 PCR 那样在反应结束后进行开盖检测,减少了操作步骤和时间,同时也降低了污染的风险。一般在 1 - 2 小时内就能完成检测,能够快速得到检测结果,适用于紧急情况和大规模样本的检测。
高通量:可以同时对多个样本进行检测,配合自动化的仪器设备,能够实现一次运行检测几十甚至上百个样本,大大提高了检测效率,适用于大规模的疾病筛查、基因表达分析等研究和应用。
实时监测:在 PCR 扩增过程中实时监测荧光信号的变化,能够直接观察到核酸扩增的动态过程,了解反应的进程和效率,及时发现异常情况,如引物二聚体的形成、非特异性扩增等,有助于对实验结果进行准确的分析和判断。
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